Responsável: Del Moral de la Vega, José
El área de fitopatología orienta sus investigaciones a problemas de sanidad vegetal: estudio de parásitos y patógenos de plantas y terapéutica o profilaxis adecuadas contra los mismos, para lo cual cuenta con laboratorios de patología y entomología, así como cámaras de condiciones controladas, evolucionarios e invernaderos situados en el centro La Orden.
Las Líneas Estratégicas de Investigación actuales son las siguientes: