El área de fitopatología orienta sus investigaciones a problemas de sanidad vegetal: estudio de parásitos y patógenos de plantas y terapéutica o profilaxis adecuadas contra los mismos, para lo cual cuenta con laboratorios de patología y entomología, así como cámaras de condiciones controladas, evolucionarios e invernaderos situados en el centro La Orden.
Las Líneas Estratégicas de Investigación actuales son las siguientes:
Estudio de una plaga emergente de Barrenillo del olivo y terapéutica adecuada contra el mismo.
Determinación de un programa de sanidad para el cultivo del caqui en Extremadura, especie de interés para la fruticultura extremeña.
Estudio de enfermedades de conservación en frutales de hueso relacionadas con la fertilización de las parcelas de cultivo.
Recolección de accesiones de Aegilops spp. para el banco de germoplasma del INIA por su interés en la mejora del trigo.
La biofumigación con distintos productos (cultivos de crucíferas, residuos y subproductos de industrias agroalimentarias...) como técnica de control de enfermedades causadas por hongos fitopatógenos del suelo.
Mantenimiento de micoteca de hongos fitopatógenos causantes de enfermedades en diferentes especies vegetales de Extremadura, tanto herbáceas cultivadas (tomate, pimiento o tabaco) como forestales (encina y alcornoque).